x x

x

BAKTERIOLOGJIA IMUNOLOGJIA MIKOLOGJIA PARAZITOLOGJIA VIROLOGJIA

ANGLISHT

 


BAKTERIOLOGJIA – KAPITULLI 2

KULTIVIMI DHE IDENTIFIKIMI I AGJENSĖVE INFEKTIVĖ


Dr Alvin Fox

Pėrktheu: Dr. Lul Raka, Asistent i Mikrobiologjisė nė Fakultetin e Mjekėsisė tė Universitetit tė Prishtinės dhe Mikrobiolog nė Departamentin e Mikrobiologjisė tė Institutit Kombėtar tė Shėndetėsisė Publike tė Kosovės- Prishtinė, Kosovė
 

PORTUGALISHT

SPANJOLLISHT

FARSI

VIDEO LIGJĖRATATA
ANGLISHTE

E-MAIL DR LUL RAKA

Universiteti i Prishtinės

  

Logo image © Jeffrey Nelson, Rush University, Chicago, Illinois  and The MicrobeLibrary

 

FJALĖT KYĒE

Izolimi (kultura)

pllakat e agarit / kolonitė
terrenet e lėngėta - epruvetat - madhėsia

Identifikimi & taksonomia
   
Familja 
      Gjinia
      Lloji 
      Tipi

Testet biokimike (fiziologjike)

Testet molekulare
      ADN-ADN homologjia
      sekuentimi 16S ARNr

Profilimi kimik

Metodat tjera tė gjetjes sė mikrobeve

Polymerase chain reaction (PCR)
Aglutinimi (gjetja e antigjeneve)
Ngjyrosja
Serologjia (gjetja e antitrupave)

Identifikimi i baktereve nė laboratorin diagnostik dhe taksonomia e tyre

Sėmundjet ngjitėse shkaktohen nga baktere tė ndryshme dhe shoqėrohen me pasqyrė klinike dhe ecuri tė ndryshme. Veēimi dhe identifikimi i baktereve nga mostrat klinike tė pacientėve ndihmon nė mjekimin e sėmundjeve. Ndėrkaq, antibiogrami - testimi i ndjeshmėrisė sė mikrobeve ndaj antimikrobikėve (p.sh. pėrmes pėrcaktimit tė pėrqėndrimit minimal inkibues ose PMI) mund tė ndihmojė nė pėrzgjedhjen e antibiotikut pėr terapinė medikamentoze. Nėse bakteret veēohen nė rrethana dhe nė vende tė pazakonshme, atėherė kjo mund tė sygjerojė pėr ndonjė shpėrthim epidemik (psh. veēimi i tyre nga pajisjet dhe instrumentet e ndryshme mjekėsore nė spital); ose pėr mangėsi nė teknikat aseptike tė personelit nė atė repart.

Nėse dyshohet nė njė infeksion tė shkaktuar nga bakteret, atėherė zakonisht preferohet veēimi i kolonive tė dukshme tė mikroorganizmit nė kulturė tė pastėr (nė terrene ushqyese me agar) dhe pastaj tė bėhet identifikimi pėrfundimtar i llojit tė bakteres qė shkakton atė infeksion. Identifikimi bazohet nė parimet e taksonomisė qė zbatohen pėr gjendjen pėrkatėse klinike mikrobiologjike. Nga laboratori diagnostik kėrkohet qė brenda ditės tė identifikohen shumė mikroorganizma dhe atė pėr njė periudhė sa mė tė shkurtėr kohore. Testet diagnostike qė pėrdoren nė laborator duhet t’i plotėsojnė disa kritere: ato duhet tė kryhen me lehtėsi, tė jenė sa mė tė shpejt dhe tė kenė ēmim tė volitshėm.  Metodat klasike tė identifikimit tė baktereve bazohen nė karakteristikat morfologjike dhe metabolike tė tyre. Pėrzgjedhja e testeve diagnostike bėhet sipas aftėsisė dalluese tė mikrobeve tė ndryshme. Pėr secilin mikroorganizėm qė dėshirojmė ta identifikojmė ekzistojnė teste tė ndryshe diagnostike. Tashmė, nė laboratoret mikrobiologjike gjithnjė e mė shumė janė nė pėrdorim teknikat biologjike molekulare pėr karakterizimin e gjeneve specifike apo madje segmenteve tė veēanta pėrbrenda gjeneve.

Qasja moderne nė taksonominė  e baktereve pėrdor teknika dhe metodologji shumė mė komplekse qė prekin kryesisht profilimin e pėrbėrjes strukturore tė baktereve. Kjo pėrfshin qasjen e bazuar nė “biologjinė molekulare” dhe “kiminė analitike”. Shumė skema klasike pėr identifikimin  e baktereve japin pak tė dhėna pėr marrėdhėniet e tyre gjenetike, madje nganjėherė nė aspektin shkencor janė tė gabueshme. Informatat e reja kanė mundėsuar riemėrimin e disa nėnllojeve bakterore dhe nė disa raste nė riorganizimin e plotė tė raporteve ndėrmjet shumė familjeve tė baktereve. 
blood agar2.jpg (68254 bytes) Figura 1 Kultura e Bacillus anthracis nė pllakat e agar-bikarbonatit dhe agar-gjakut. Kolonitė e lėmueshme nė bikarbonat (majtas) dhe kolonitė e thepisura nė agar-gjak (djathtas). CDC/Dr. James Feeley 

gram-st.jpg (147324 bytes) Figura 2. Procedura e ngjyrosjes sipas Gramit

Termat taksonomikė (klasifikimi)

Familja: njė grup i gjinive tė baktereve me veti tė pėrafėrta.

Gjinia: grup i llojeve tė pėrafėrta.

Lloji: grup i tipeve tė pėrafėrta.

Tipi: grup i nėntipeve tė pėrafėrta (p.sh. biotipi, serotipi).

Nėntipi (shtami): njė linjė apo njė izolat i llojit tė caktuar tė baktereve.

Mė sė shpeshti pėrdoret emri i llojeve bakterore (p.sh. Streptococcus pyogenes  - apo shkurt S.pyogenes). Gjithmonė ekzistojnė dy pjesė tė emėrtimit tė llojeve: njėra e definon gjininė (nė kėtė rast "Streptococcus") dhe tjetra llojin (nė kėtė rast "pyogenes"). Emri i gjinisė gjithnjė shkruhet me shkronjė tė madhe kurse lloji me shkronjė tė vogėl. Tė dy emėrtesat shkruhen tė nėnvizuar ose nė stilin italik.

 

Ecuria e izolimit diagnostik dhe identifikimit tė baktereve

Hapi 1. Mostrat e pacientit (p.sh. gjaku, urina, lėngu trunoshpinor etj.) kultivohen nė pllakėn me terren ushqyes. Pas inkubimit prej njė apo disa ditėsh, mund tė vėrehen koloni tė veēuara tė baktereve qė mund tė shihen me sy (Figura 1). Secila koloni e pėrmban miliona qeliza bakterore. Gjatė kėsaj faze tė identifikimit tė baktereve rėndėsi shumė tė madhe ka vrojtimi i kėtyre kolonive pėr tė pėrcaktuar madhėsinė, ndėrtimin, ngjyrėn si dhe hemolizėn (nėse rriten nė agar gjak). Njė faktor tjetėr i rėndėsishėm nė dallimin e mikroorganizmave ėshtė edhe kėrkesa e tyre pėr oksigjen.

Hapi 2. Kolonitė ngjyrosen sipas Gramit dhe qelizat individuale bakterore vrojtohen me mikroskop.

Hapi 3. Bakteret identifikohen duke shfrytėzuar kolonitė e rritura nė terrene kultivuese. Kjo procedurė, shpesh kėrkon edhe 24 orė shtesė tė rritjes.
 


 

 

FIGURA  3. SHEMBUJ TĖ NGJYROSJES SIPAS GRAMIT

newgram.jpg (25333 bytes)   Bacillus brevis. Ngjyrosja sipas Gramit. CDC/Dr. William A. Clark 

newgram2.jpg (157753 bytes)  Streptococcus mutans. Ngjyrosja sipas Gramit. Nė pllakat e agar gjakut vėrehen forma sikur koke pa radhitje vargore. Kėto mikrobe mund tė shkaktojnė endokardit subakut bakterial dhe karies dental. CDC/Dr. R Facklam 

newgram3.jpg (46817 bytes)   Bacillus anthracis. Ngjyrosja sipas Gramit. CDC/Dr. James Feeley 

newgram4.jpg (89145 bytes)  Streptococcus mutans. Ngjyrosja sipas Gramit. Kultura nga tioglikolati. Gjatė kultivimit nė bujon duken me formė shkopthore nė varg. Mund tė shkaktojnė endokardit subakut bakterial dhe karies dental. CDC/Dr. Richard Facklam 

NGJYROSJA SIPAS GRAMIT

Kolonia e baktereve thahet nė xham mikroskopik dhe mė tej procedohet si vijon (Figura 2 dhe 3):

Hapi 1. Ngjyrosja me kristal violet. Bakteret marrin ngjyrė tė kaltėr.

Hapi 2. Fiksimi me jod. Kjo procedurė e stabilizon ngjyrėn kristal violete. Bakteret mbesin me ngjyrė tė kaltėr.

Hapi 3. Ekstraksioni me alkool apo me ndonjė tretės tjetėr. Gjatė kėsaj procedure disa baktere ēngjyrosen (Gram negativet), por disa tė tjera mbajnė tė njejtėn ngjyrė (Gram pozitivet).

Hapi 4. Ngjyrosja me safraninė. Bakteret Gram pozitive mbesin tė kaltra, kurse bakteret Gram negative tashmė marrin ngjyrėn e kuqe tė safraninės.

Nė vazhdim vrojtohen vetitė e baktereve me mikroskop. Pas vrojtimit, shtrohen kėto pyetje: 

  • A janė Gram-pozitive apo Gram-negative, bakteret e vėrejtura? 
  • Ēfarė forme kanė ato - shkopthore, koke, spirale apo pleomorfe (formė e ndryshueshme)? 
  • A janė tė rradhitura veē e veē apo janė nė ēifte, vargje etj.? 
  • Ēfarė madhėsie kanė qelizat bakterore tė vėrejtura? 

Pėrveē ngjyrosjes sipas Gramit, nė praktikėn laboratorike mikrobiologjike ndonjėherė pėrdoren edhe ngjyrosje tė tjera (psh. ngjyrosja e sporeve dhe ajo e kapsulave).

Nė vazhdim tė ecurisė sė diagnozės mikrobiologjike, merret njė koloni tjetėr e ngjashme e bakteres nga pllaka kultivuese dhe ekzaminohet pėr veēoritė biokimike; p.sh., a i fermenton sheqernat, siē ėshtė llaktoza? Nė disa raste, bakteret identifikohen pėrmes antitrupave komercialė qė reagojnė me antigjenet e caktuar sipėrfaqėsor tė tyre (p.sh. pėrmes aglutinimit). Po ashtu, pėr diagnozėn e infeksioneve bakterore, nė pėrdorim tė gjerė janė edhe shumė teste komerciale molekulare.

Karakterizimi taksonomik i baktereve

Edhe pėrbrenda vetė llojeve bakterore ekziston njė ndryshueshmėri e konsiderueshme. Prandaj, krahasimi i llojeve bakterore pėrfshin krahasimin e shumė nėntipeve pėr secilin lloj. Kėto krahasime bazohen kryesisht nė analizat kimike dhe molekulare.

Analizat kimike

Pėr studimin e strukturės sė baktereve janė nė dispozicion pajisje tė sofistikuara, qė kryesisht mundėsojnė profilimin e acideve tė ngopura, karbohidrateve ose profilimin ubikuitar (tė gjithanshėm). Nė taksonominė e baktereve, ndihmesė mund tė ofrojė edhe karakterizimi i prodhimeve tė sekretuara tė metabolizmit (psh. alkoolet e avullueshme dhe acidet yndyrore me vargje tė shkurtėra).

Analizat molekulare 

Do tė ishte ideale sikur tė krahasoheshin sekuencat e tėrė ADN-sė kromozomale tė baktereve. Por, kjo metodologji nuk ėshtė praktike, sepse pėr secilin nėntip tė baktereve do tė duhej bėrė sekuentimi i miliona nukleotideve. Gjatė disa viteve tė fundit  ėshtė arritur sekuentimi i tėrė gjenomit tė ndonjėrit pėrfaqėsues (psh. njė nėntipi) tė disa llojeve bakterore. Kjo procedurė kėrkon njė punė voluminoze nga ana e shumė grupeve kėrkimore tė dedikuara vetėm pėr sekuentim. Nė tė kaluarėn, ngjashmėria gjenomike ndėrmjet baktereve ėshtė vlerėsuar pėrmes raportit tė pėrmbajtjes sė guaninės (G) plus citozinės (C), e cila zakonisht ėshtė shprehur si pėrqindje (%GC). Sot, zbatohen dy alternativa tė tjera: hibridizimi dhe sekuentimi (mė sė shpeshti pėr gjenin qė kodon ARNr 16S).

Pėr tė krahasuar afėrsinė gjenetike tė nėntipeve tė ndryshme tė baktereve pėrdoret teknika e ADN-ADN homologjisė-d.m.th. me ēfarė pėrputhshmėrie dy shtame tė ADN-sė nga bakteret e ndryshme lidhen-hibridizohen sė bashku. Nėse ADN-ja nga dy nėntipet bakterore tregon shkallė tė lartė tė homologjisė (d.m.th. vargjet lidhen mirė), atėherė konsiderohet se kėto nėntipe i pėrkasin tė njejtit lloj tė baktereve. ADN-ja e llojeve tė ndryshme bakterore nuk tregon homologji tė strukturės gjenetike.

Gjatė viteve tė fundit, sekuentimi i molekulave ribosomale tė 16S ARNr ėshtė bėrė “standard i artė” nė taksonominė e baktereve. Kjo molekulė pėrafėrsisht posedon 1600 nukleotide nė varg. Sekuentimi i 16S ARNr jep pėrgjigje nė vlerėsimin e ngjashmėrisė sė gjenomeve mbi nivel tė llojeve duke lejuar krahasimin e afėrsisė pėrgjatė tėrė mbretėrisė sė baktereve. Llojet e afėrta bakterore shpesh kanė sekuenca identike tė ARNr. Kjo teknikė ofron njė informatė komplementare tė hibridizimit ADN-ADN. Nė laboratorin e mikrobiologjisė klinike, pėrcaktimi i sekuencės sė gjeneve 16S ARNr dhe regjioneve tė tjera gjenetike pėrdoret pėr identifikimin e nėntipeve tė baktereve.

 

Diagnoza e shpejtė mikrobiologjike pa kultivim paraprak tė mostrave klinike

Disa mikrobe patogjene qė prekin njeriun (pėrfshirė shkaktarėt e tuberkulozit, sėmundjes sė Llajmit dhe sifilisit) nuk mund tė rriten fare nė terrene ushqyese ose rriten nė sasi tė pamjaftueshme. Veēimi i kėtyre mikroorganizmave ėshtė i ngadalshėm, madje nganjėherė edhe i pamundshėm. Megjithatė, nė praktikėn laboratorike ekziston mundėsia e zbulimit tė baktereve nga mostrat klinike, pa i kultivuar ato fare nė terrene ushqyese.

Njė shembull i diagnozės sė shpejtė, qė pėrdoret nė shumė ordinanca mjekėsore ėshtė zbulimi i antigjeneve tė streptokokut hemolitik tė grupit A. Kjo realizohet duke marrė strisho nga gryka e pacientit dhe duke nxjerrė drejtpėrdrejt nga mostra antigjenin streptokoksik (pa e kultivuar paraprakisht nė terren ushqyes). Antigjeni bakteror zbulohet pėrmes fenomenit tė pėrngjitjes (aglutinimit) sė antigjenit me antitrupat e lidhur nė kokėrrzat komerciale tė lateksit.

Sekuencat e ADN-sė sė njeriut mund tė amplifikohen drejtpėrdrejt nga lėngjet trupore tė pacientit ( reaksioni zingjiror i polimerazės, PCR). Me kėtė metodė mund tė krijohen dhe veēohen sasi tė mėdha tė gjeneve specifike apo tė pjesėve tė tyre. Njė qasje e tillė ka gjetur pėrdorim tė madh nė diagnozėn e shpejtė tė tuberkulozit.

Ndihmesė diagnostike nė laboratorin e mikrobiologjisė mund tė ofrojė edhe vrojtimi i drejtpėrdrejtė mikroskopik i disa mostrave klinike tė pacientit pėr praninė eventuale tė baktereve – p.sh. vrojtimi mikroskopik i M.tuberculosis nė kėlbazė (baciloskopia).

Nė diagnozėn e infeksioneve mikrobike pėrdoren edhe testet serologjike. Identifikimi i pėrgjigjes me antitrupa ndaj agjensit infektiv nė serumin e pacientit mund tė jetė i suksesshėm disa javė pas shfaqjes sė infeksionit.

 

 

BURIMET NĖ INTERNET 
Ngjyrosja sipas Gramit
 
Univ. Texas Houston

Kėshillimi pėr ngjyrosjen e Gramit
Microbe Library - William R. Mayberry

 

SLIDE SHOW
Imazhet e ngjyrosjes sipas Gramit-  bakteret e rėndėsishme mjekėsore 
Imazhet ndėrrojnė automatikisht
Loyola Univ Med Ctr

ANIMACION 
Mėsoni mė shumė pėr PCR 
Biology Animation Library
 
Kėrkon Flash

UDHĖZUES 
ID laboratori i baktereve

HHMI
Kėrkon Flash

 

 

Kthehu nė seksionin e Bakteriologjisė tė Microbiology and Immunology On-line

 

Kjo faqe ėshtė  copyright 2010   The Board of Trustees of the University of South Carolina
Faqja e pėrditėsuar mė  Tuesday, October 05, 2010
Faqja mbahet nga 
Richard Hunt